Análises de WGCNA foram conduzidas utilizando amostras temporais de RNA-Seq de Yucca filamentosa, alinhadas ao genoma CDS (incluindo isoformas) por meio do Kallisto. Os valores de TPM de todos os genes e suas respectivas isoformas foram agregados. Em seguida, a matriz foi normalizada utilizando o método TMM. Por fim, aplicou-se um filtro para remover genes com valores inferiores a 5 em todas as amostras, reduzindo o número de genes de 45250 para 25726 genes.

Article

RNAseq

Genome


Samples ID

Abaixo estão os IDs completos e abreviados de cada amostra, com o objetivo de facilitar a visualização dos resultados. Em alguns gráficos, os IDs podem não incluir o número da replicata, indicando que o resultado representa a média das replicatas.


Irrigated


Drought


Cluster Dendrograms for Outlier Detection and Removal


As amostras Yf_D_S02.5h_R3, Yf_D_S01.1h_R3, Yf_D_S03.9h_R3 e Yf_D_S04.13h_R4 são claramente outliers e serão removidas.



Soft Threshold (Power)

O valor de Soft Threshold Power utilizado nesta análise foi de: 26


Gene clustering


Cluster Dendrogram with module colors

## Total de genes: 25726
## Genes agrupados em módulos: 16838
## Genes não agrupados: 8888

Heat map WGCNA

Heat map WGCNA Filtered

O heatmap abaixo foi gerado a partir do heatmap anterior, que passou por um tratamento específico de filtragem no script. Nesse processo, foram filtradas as interações com correlações (Corr) altamente positivas ou negativas, bem como valores de significância ideais (p-value). Os critérios de corte utilizados foram os seguintes:

  • Corr: ≥ 0,5 ou ≤ -0,5
  • p-value: < 0.05

Os módulos que não atenderam a esses critérios foram removidos, garantindo que apenas as interações mais relevantes fossem exibidas no heatmap.

Clique Percolation Method (CPM)


Rede de módulos da Yucca aloifolia (CAM)

##     k Intensity Number.of.Communities Number.of.Isolated.Nodes Ratio.Threshold Chi.Threshold
## 42  3    0.7795                    12                       61        3.000000     0.1482495
## 43  3    0.7790                    12                       61        3.000000     0.1450585
## 44  3    0.7785                    12                       61        3.000000     0.1450585
## 45  3    0.7780                    12                       61        3.000000     0.1450585
## 46  3    0.7775                    12                       61        3.000000     0.1450585
## 32  3    0.7845                    12                       64        2.625000     0.1455729
## 33  3    0.7840                    12                       64        2.625000     0.1455729
## 34  3    0.7835                    12                       64        2.625000     0.1455729
## 35  3    0.7830                    12                       64        2.625000     0.1455729
## 529 4    0.7365                    11                       40        2.000000     0.2355025
## 511 4    0.7455                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 512 4    0.7450                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 513 4    0.7445                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 514 4    0.7440                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 515 4    0.7435                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 516 4    0.7430                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 517 4    0.7425                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 518 4    0.7420                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 40  3    0.7805                    11                       61        3.000000     0.1683903
## 41  3    0.7800                    11                       61        3.000000     0.1683903
## 39  3    0.7810                    11                       62        3.000000     0.1619279
## 38  3    0.7815                    11                       63        2.875000     0.1619279
## 36  3    0.7825                    11                       64        2.750000     0.1658601
## 37  3    0.7820                    11                       64        2.750000     0.1619279
## 31  3    0.7850                    11                       66        2.625000     0.1658601
## 28  3    0.7865                    11                       69        2.500000     0.1658601
## 29  3    0.7860                    11                       69        2.500000     0.1658601
## 677 4    0.6625                    10                       13        2.310345     0.5541200
## 678 4    0.6620                    10                       13        2.310345     0.5541200
## 679 4    0.6615                    10                       13        2.310345     0.5541200
## 
## Results of clique percolation community detection algorithm
## 
## --------------------
## 
## User-specified Settings
## 
## method = weighted 
## k = 4
## I = 0.661
## 
## --------------------
## 
## Results
## 
## Number of communities: 10 
## Number of shared nodes: 25 
## Number of isolated nodes: 13 
## 
## --------------------
## 
## --------------------
## Communities (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## Community 1 : YF001 YF002 YF003 YF004 YF005 YF006 YF011 YF024 YF025 YF026 YF027 YF030 YF033 YF034 YF035 YF036 YF037 YF038 YF039 YF040 YF041 YF042 YF043 YF044 YF045 YF046 YF047 YF048 YF049 YF050 YF051 YF052 YF053 YF054 YF055 YF056 YF057 YF058 YF059 YF060 YF062 YF063 YF064 YF065 YF066 YF067 YF068 YF069 YF070 YF071 YF073 YF083 YF084 YF085 YF087 YF088 YF089 YF090 YF091 YF092 YF093 YF094 YF098 YF099 YF101 YF102 YF106 
## Community 2 : YF020 YF023 YF070 YF071 YF072 YF073 YF074 YF075 YF076 YF077 YF079 YF080 YF081 
## Community 3 : YF002 YF004 YF007 YF009 YF010 YF011 YF013 YF014 YF015 YF016 YF017 YF018 YF021 YF022 YF065 YF108 YF109 YF110 YF111 YF112 YF113 YF114 YF115 YF116 YF117 YF118 YF119 YF120 YF121 
## Community 4 : YF088 YF089 YF095 YF096 YF101 
## Community 5 : YF044 YF099 YF100 YF104 
## Community 6 : YF095 YF096 YF100 YF112 
## Community 7 : YF089 YF095 YF097 YF098 
## Community 8 : YF019 YF020 YF021 YF116 
## Community 9 : YF076 YF077 YF078 YF079 
## Community 10 : YF020 YF021 YF022 YF023 
## 
## 
## --------------------
## Shared nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## YF002 YF004 YF011 YF020 YF021 YF022 YF023 YF044 YF065 YF070 YF071 YF073 YF076 YF077 YF079 YF088 YF089 YF095 YF096 YF098 YF099 YF100 YF101 YF112 YF116 
## 
## 
## --------------------
## Isolated nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## YF008 YF012 YF028 YF029 YF031 YF032 YF061 YF082 YF086 YF103 YF105 YF107 NA


Tamanho das comunidades

Os números indicam as comunidades, e o tamanho dos círculos reflete o número de módulos em cada comunidade, ou seja, círculos maiores correspondem a comunidades que contêm mais módulos. Além disso, as arestas que conectam os módulos mostram o nível de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor.


Rede dos módulos em comunidades

As cores no gráfico representam comunidades de módulos com alta correlação entre si. Esta rede é ponderada, ou seja, as arestas conectando os módulos indicam o nível de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor conforme a força da correlação.

Os módulos isolados, que não foram agrupados em nenhuma comunidade, são representados pela cor branca.

## Warning in qgraph::qgraph(W, DoNotPlot = TRUE): Some labels where not
## abbreviatable.
## Warning in qgraph::qgraph(qgraph::getWmat(W), pie = node_split, pieColor =
## colors_nodes, : Some labels where not abbreviatable.